Upacara bendera merupakan kegiatan penting untuk memupuk rasa cinta dan bangga terhadap tanah air; menghormati simbol-simbol negara, dan mempererat persatuan dan kesatuan bangsa. Melalui kegiatan upacara, diharapkan generasi muda terbiasa untuk disiplin dan bertanggung jawab.
Sebagai upaya untuk membina dan melatih kedisiplinan, MIT Ar Roihan menyematkan hidden curriculum melalui sistem penilaian petugas dan peserta upacara. Petugas upacara, baik petugas inti maupun tim paduan suara, bertugas secara bergantian sesuai jadwal, pada setiap minggunya. Setiap kelas yang bertugas tentunya dilatih langsung oleh wali kelas bersama tim.
Dampak positif dari penerapan sistem penilaian upacara ini adalah, peserta didik mampu mengikuti upacara secara disiplin dan khidmat. Peserta didik sama sekali tidak khawatir diberikan hukuman jika melakukan pelanggaran-pelanggaran pada saat upacara, karena mereka menyadari betul bahwa penilaian terhadap sikap tidak hanya dilakukan di kelas, melainkan pada seluruh kegiatan madrasah, tidak terkecuali upacara rutin setiap Hari Senin.
Melalui teknis pelaksanaan kegiatan upacara di atas, MIT Ar Roihan, sebagai Madrasah Ramah Anak terbukti mampu menciptakan budaya kedisiplinan dan ketertiban secara perlahan namun pasti, tanpa menumbuhkan rasa takut pada diri peserta didik terhadap hukuman.